Šių dienų Kernavės archeologinės vietovės muziejus turi gilias šaknis. Kernavės pradžios mokyklos vedėjas Juozas Šiaučiūnas 1930 m. mokyklos pastate atidarė vieną pirmųjų regioninių muziejų Lietuvoje – krašto muziejų. Kartu su mokiniais mokomųjų ekspedicijų metu tyrinėjo vietines apylinkes, rinko atsitiktinai rastus archeologinius radinius, etnografinius daiktus. Iki 1940 m. muziejuje sukaupta 630 eksponatų, kurių daugumą mokytojas savo lėšomis supirkdavo iš vietinių gyventojų. Mokytojo iniciatyvą palaikė ir kunigas Nikodemas Švogžlys-Milžinas, žinomas, kaip aktyvus kraštotyrininkas, publicistas, ir nemažai kitų entuziastingų patriotų. Tačiau negailestingais 1941 m. mokytojas su šeima buvo ištremtas. Atskirtas nuo žmonos ir vaikų, mirė 1943 m. Krasnojarsko krašte, Rešotuose.
Hitlerinės okupacijos metais dalis muziejaus eksponatų pradingo, dalį išsaugojo mokytojai Sofija Jakštaitė ir Juozas Rudzinskas, kuris 1945 m. paskiriamas muziejaus direktoriumi. 1948 m. muziejus perkeliamas į nacionalizuotos klebonijos patalpas. Muziejaus ekspozicijoje eksponatai buvo suskirstyti pagal temas: Gamtos skyrius, Archeologija nuo seniausių laikų iki XV a., Kernavė Tarybų valdžios metais. 1949-1958 muziejui vadovavo J. Grybauskas, 1958-1961 m. – B. Valančiūtė, 1961-1963 m. – M. Zapareckaitė. Jai vadovaujant muziejaus ekspozicija pasipildė Kernavės apylinkių etnografiniais eksponatais. 1960 metais Kernavės piliakalniai ir Pajautos slėnis buvo paskelbti draustiniu. Nuo 1963 metų muziejus veikia visuomeniniais pagrindais, o nuo 1965 metų Kernavės kraštotyros muziejus tampa Trakų istorijos muziejaus filialu, kuriam vadovavo D. Kvieskienė. 1968 m. atidaroma nauja ekspozicija su keturiais skyriais: Kernavė nuo seniausių laikų iki XIX a., XIX a. dvarų kultūros eksponatai, Valstiečių buitis XIX a. pab. – XX a. pr., Klasių kovai skirtas skyrius nuo carizmo laikų iki 1940-1941 m. Nuo 1973 m. muziejui vadovavo J. Purvaneckienė.
1979 m. prasidėjo nuoseklūs archeologiniai tyrimai, atrasti viduramžių Kernavės miesto pėdsakai ir daug kitų archeologinių objektų. Kad šis paveldas būtų deramai ištirtas ir išsaugotas, vyriausybė 1989 m. įkuria savarankišką Valstybinį Kernavės archeologijos ir istorijos muziejų-rezervatą. Vadovauti paskiriamas archeologas ist. m. k. Vytautas Ušinskas.
Iki 1993 metų muziejus veikė buvusios klebonijos pastate. Šį grąžinus teisėtiems savininkams, 1993 metais atidaryta ekspozicija vienoje iš kultūros namų salių, kurioje sutalpinta plati medžiaga nuo Kernavės priešistorės iki XVIII a., ir nedidelė ekspozicija, atspindinti XIX a.-XX a. pirmos pusės kernaviškių buitį bei muziejaus įkūrimo istoriją.
2002 m. birželio 20 d. Kernavės muziejui-rezervatui suteiktas Valstybinio Kernavės kultūrinio rezervato statusas, o 2004 m. Kernavės archeologinė vietovė įtraukta į Unesco Pasaulio paveldo sąrašą. Pagrindinis kultūrinio rezervato tikslas – išsaugoti Kernavės teritorinį kultūros paveldo objektų kompleksą, jo teritorijoje esančias nekilnojamas ir kilnojamas kultūros vertybes, organizuoti jų mokslinį tyrimą, jas reikiamai tvarkyti ir propaguoti.
2012 m. duris atvėrė rekonstruotas modernus Kernavės archeologinės vietovės muziejus su nauja ekspozicija, pateikiančia lankytojams įspūdingiausius Kernavėje aptiktus archeologinius radinius.
Kviečiame sužinoti daugiau apie muziejaus istoriją virtualioje parodoje "Kernavės muziejui - 90 metų"